Hiến pháp năm 1993 quy định hình thức chính phủ là cộng hòa dân chủ. Nhánh hành pháp gồm một tổng thống và thủ tướng. Nghị viện hiện tại theo chế độ đơn viện. Nhánh tư pháp gồm một Tòa án tối cao, một Tòa án Hiến pháp, các tòa án địa phương, và một Trưởng Công tố.

Tháng 3 năm 2002, tại quận phía nam Aksy, năm người phản đối việc tùy tiện bắt giữ một chính trị gia đối lập đã bị cảnh sát bắn chết, gây ra những cuộc phản kháng rộng rãi trên khắp cả nước. Tổng thống Akayev đã đề xuất một quá trình cải cách hiến pháp ban đầu gồm sự tham gia của một ủy ban đại diện chính phủ, dân sự và xã hội rộng lớn hơn trong một cuộc thảo luận mở, dẫn tới cuộc trưng cầu dân ý vào tháng 2 năm 2003, không thành công bởi những gian lận. Những sử đổi hiến pháp được phê chuẩn theo cuộc trưng cầu dân ý dẫn tới quyền kiểm soát mạnh hơn cho tổng thống và giảm quyền lực của Nghị viện cùng Tòa án Hiến pháp. Cuộc bầu cử nghị viện mới với 75 ghế được tổ chức từ ngày 27 tháng 2 đến 13 tháng 3 năm 2005, nhưng bị đa số các nhà quan sát cho là có gian lận. Những cuộc biểu tình phản kháng sau đó đã dẫn tới một cuộc đảo chính hòa bình ngày 24 tháng 3, sau sự kiện này Akayev đã chạy trốn khỏi đất nước và được thay thế bởi tổng thống lâm thời Kurmanbek Bakiyev. (xem: Cách mạng Tulip).

Các lãnh đạo chính phủ lâm thời đang phát triển một cơ cấu chính phủ mới cho đất nước và làm việc để giải quyết các vấn đề nổi cộm về hiến pháp. Ngày 10 tháng 7 năm 2005, tổng thống lâm thời Bakiyev chiến thắng trong cuộc bầu cử tổng thống với thắng lợi vang dội, đạt 88.9% số phiếu, và chính thức nhậm chức ngày 14 tháng 8. Tuy nhiên, sự ủng hộ ban đầu của công chúng cho ban lãnh đạo mới sau mấy tháng đã sụt giảm vì họ không thể giải quyết các vấn đề tham nhũng đã từng là tai họa của đất nước từ khi độc lập khỏi Liên bang Xô viết, cùng với những vụ ám sát các thành viên nghị viện. Những vụ tuần hành đông đảo phản đối tổng thống Bakyiev đã diễn ra tại Bishkek trong tháng 4 và tháng 11 năm 2006, các lãnh đạo phe đối lập buộc tội tổng thống không thể thực hiện các lời hứa khi tranh cử như cải cách hiến pháp và chuyển giao một số quyền lực cho nghị viện.